הגר"א ציין שבמקומות רבים בתורה 'הלכה עוקרת את המקרא' מפשוטו. אחת הדוגמאות המובהקות לכך היא בנוגע לאיסור טומאה במחנה. בעוד שמפשט הפסוקים עולה שהשוהה בטומאה במחנה מטמא את המשכן, חז"ל דרשו שרק כניסה אל הקודש ואכילת קדשים בטומאה אסורות.

 
בפסוקי הסיכום של פרשת טומאות הגוף שבפרקנו אומרת התורה: "וְהִזַּרְתֶּם אֶת בְּנֵי יִשְׂרָאֵל מִטֻּמְאָתָם וְלֹא יָמֻתוּ בְּטֻמְאָתָם בְּטַמְּאָם אֶת מִשְׁכָּנִי אֲשֶׁר בְּתוֹכָם" (לא). התורה דורשת להזהיר ולהפריש את בני ישראל מטומאתם על מנת שלא ימותו. מפשט הפסוק נראה כי התורה מניחה שתי הנחות יסוד: 1. כאשר אדם מישראל שוהה במחנה בטומאה ולא ניטהר הוא מטמא את המשכן, אף שהוא לא נכנס אל המשכן. 2. ישנו ניגוד בין טומאת ישראל ובין השראת השכינה במשכן.

לעומת ההנחה הראשונה, חז"ל דרשו בכל מקום שאין איסור על הטמא לשהות במחנה והאיסור היחידי הוא להיכנס בטומאה אל המשכן או לאכול קדשים בטומאה ('טומאת מקדשיו וקודשיו') וכפי שמסכם הרמב"ם: "כל הכתוב בתורה ובדברי קבלה מהלכות הטומאות והטהרות, אינו אלא לעניין מקדש וקדשיו ותרומות ומעשר שני בלבד" (הלכות טומאת אוכלין, טז:ח). ובלשונו של רמב"ן (י"א, לג): "כי איננו מצווה ליטהר לחולין".

נראה שמדרש הספרא על הפסוק בו פתחנו מתמודד עם ההנחה השנייה. חכמים דרשו שם: "בטמאם את משכני אשר בתוכם - אף על פי שהם טמאים שכינה ביניהם" (ספרא מצורע - פרשת זבים, פרק ה. וכן מובא גם בספרי).  בעוד שפשט הפסוק מורה שישראל חייבים להיטהר משום שהם מטמאים את המשכן ופוגעים בהשראת השכינה, הדרשה לומדת שגם כאשר ישראל טמאים ה' שורה בתוכם.