מזמור ס"ט נחלק לארבעה חלקים עיקריים מלבד הכותרת (א): בחלק הראשון (ב-ח) פותח המשורר בבקשה להושעה. בחלק השני והמרכזי (ט-כב) מפרט המשורר את מעשי אויביו. בחלק השלישי (כג-כט) מפרט המשורר את העונש המגיע לאויביו. בחלק הרביעי (ל-לז) מודיע המשורר על ההודאה שיודה לה' לאחר שיושיע אותו.
המזמור הוא תלונת היחיד כלפי אויביו ובספר הראשון נתקלנו רבות במזמורים מעין אלו. שני הפסוקים האחרונים שבמזמור יוצרים קושי מסוים בקריאת המזמור בצורה רציפה: "כי א-להים יושיע ציון ויבנה ערי יהודה וישבו שם וירשוה. וזרע עבדיו ינחלוה ואהבי שמו ישכנו בה" (לו-לז). במחקר מקובל מאוד לומר ששני פסוקים אלו יסודם בתוספת למזמור (למשל ויסמן ב'עולם התנ"ך'). גם אם נניח שמדובר בתוספת מאוחרת – מה פשרה של התוספת? והאם ניתן להעלות על הדעת שפסוקים אלו הם חלק מהמזמור ממש?
מזמורנו מזכיר מאוד את תלונות ירמיהו כלפי אויביו. גם ירמיהו פונה לה' ואומר לו שהוא יודע את התכנון של אויביו: "אתה ידעת ה' זכרני ופקדני והנקם לי מרדפי" (ירמיהו ט"ו, טו). אויביו של ירמיהו הם אויבים קרובים: "כי שמעתי דבת רבים... כל אנוש שלמי שמרי צלעי – אולי יפתה ונוכלה לו ונקחה נקמתנו ממנו" (ירמיהו כ', י). כך גם לגבי הבקשה להנקם באויבים: "לכן תן את בניהם לרעב והגרם על ידי חרב ותהינה נשיהם שכלות ואלמנות ואנשיהם יהיו הרגי מות... תשמע זעקה מבתיהם כי תביא עליהם גדוד פתאום..." (ירמיהו י"ח, כא-כב). ולבסוף גם שירת ההלל שבמזמור "אהללה שם א-להים בשיר... כי שמע אל אביונים ה' ואת אסיריו לא בזה" (לא-לד) נמצאת גם בירמיהו: "שירו לה' הללו את ה' כי הציל את נפש אביון מיד מרעים" (ירמיהו כ', יג).
אם הדמיון לירמיהו כה חזק ייתכן שהמזמור עוסק בנביא הנרדף על ידי מתנגדיו. ייתכן שמשורר המזמור מכיר את דברי ירמיהו ונותן להם פרשנות מסוימת. בין כך ובין כך, ירמיהו מתמודד עם אויביו משום שהם לא מאמינים לנבואותיו הקשות: "הנה המה אמרים אלי איה דבר ה' יבוא נא" (ירמיהו י"ז, טו). אם הרקע של מזמורנו עוסק בעניין דומה, נביא הנרדף על ידי אויביו בגלל נבואותיו הקשות, הבקשה לבניית ירושלים המופיעה בסוף המזמור מבהירה כי הנביא איננו מעוניין בהרס העיר אלא דווקא בבניינה: המשורר שמדמה עצמו לירמיהו מבקש מה' שיבנה חזרה את ירושלים החרבה.