פרק ב' עוסק ברובו בתוכחה לכהנים, אשר מעמדם עלה בעקבות המחסור במלך. מלאכי מוכיח את הכהנים על כך שבגדו בברית עם ה' והם מכשילים את העם בדברי תורה. בהמשך, מוכיח אותם מלאכי על כך שהפכו את עבודת המקדש לעבודה טכנית ונמוכה, חסרת כבוד ויראה.