הרב הירש, ביקש כאיש חינוך, להנחיל למחנכים באמצעות דבריו בפירושו לתורה את תפיסתו העקרונית בדבר הדרכים הראויות והיעילות להנחלת התורה לתלמידים בצורה נעימה באמצעות הסבר ומשמעות ולא בכוחניות.
הרב הירש הצהיר שהוא מתנגד לעונש גופני כאמצעי לחינוך, והבהיר כי דרך העידוד היא לדעתו הדרך הנאותה לקידום עולמו המוסרי של הילד. לדעתו, מורה הנזקק במהלך משימת החינוך להשתמש בענישה גופנית, אינו בהכרח מתאים לתפקידו.
בפירושו לקללות המנויות בפרשת בחקתי, הזכיר הרב הירש כי הייסורים אכן מתבטאים לעיתים בעונשים שהקב"ה מטיל על עמו. עם זה הדגיש, כי ייסורים אלו, הניתכים על ראש האומה, מבטאים את אמונו של הקב"ה ביכולתם לשנות את דרכם. למרות פשט הכתוב, שבו מתוארים עונשי גוף כבדים, בחר הרב הירש לעדן את הדברים ושב על עמדתו כי מטרת הייסורים היא עיצוב האופי ולא פעולת ענישה גרידא. המייסר צריך לבחור בייסורים המתאימים לאדם, כאלו שיתאימו לאופיו ויאפשרו לו לבחור בדרך הישר:
"וְאִם בְּאֵלֶּה לֹא תִוָּסְרוּ לִי - המייסר שָׂם גְּבוּלוֹת מוסריים לשאיפות; בעזרתם הוּא מְעַצֵּב אֶת שאיפות הָאָדָם בְּמִסְגֶּרֶת הַיָּשָׁר וְהַטּוֹב. שם העצם 'מוּסָר' המורה גם הוא על חינוך ועיצוב אופי מצוי גם בהוראת כבלים ממשיים. פירוש הִוָּסֵר לפלוני: להיווצר בדמות מוסרית המתאימה לו; הווה אומר: לכוון אֶת הָרָצוֹן בכיוון המתאים לו"
(פירוש הרש"ר הירש, ויקרא כ"ו, כג-כד)
מפירושו עולה שהרב הירש ניסה "לעדן" את הייסורים, המלווים את חינוך האדם. הוא סבר כי גם בשעה שהמורה והאב נאלצים לייסר את הילד, עליהם לפעול מתוך היכרות עם תכונות הילד ובשילוב הסברה ואִימון.