סעיפי האמנה לא ניתנו בחלל ריק והם מבטאים את הסוגיות הבוערות ביותר איתן התמודדו עזרא ונחמיה באותה התקופה.

 

בנחמיה פרק י' חותמים ראשי העם על האמנה, שבה מתחייב העם היושב ביהודה לשמור את התורה והמצוות. באמנה זו נמנות מספר מצוות באופן מפורט, רובן ככולן נובעות ממדרשי הלכה או מצוות שנתחדשו על ידיהם ("והעמדנו עלינו מצוות"; לג):

איסור נישואי תערובת
איסור מקח וממכר בשבת וביום קודש
שמיטה ושמיטת כספים ("ומשא כל יד"; לב)
נתינת שלישית השקל בשנה להוצאות השוטפות של בית ה'
קרבן העצים
הבאת מתנות הכהונה והלוייה השונות (ביכורים, בכור בקר וצאן, חלה, תרומות ומעשרות) ללשכות בית ה', כדי שעובדי המקדש לא יצטרכו לעזוב אותו כדי להתפרנס ולאכול.

רשימת מצוות זו זהה באופן מפליא – בתוכן ובלשון – לרשימת פעולותיו של נחמיה בפרקים ה' וי"ג. שני פרקים אלה ייחודיים מבחינות שונות, ובין השאר הם היחידים בזכרונות נחמיה (הפרקים שבהם נחמיה מספר את הדברים בגוף ראשון) שבהם נחמיה עוסק בדברים אחרים מלבד בניית החומה; על פעולות אלו (ועל אלו בלבד) נחמיה מבקש מה' שוב ושוב "זכרה לי א-להי"; ופרקים אלו הם היחידים שבהם נזכר במפורש תפקידו של נחמיה כפחה (מלבד אזכור זניח ברשימה בנחמיה י"ב כו) ומספר השנים שקבע עם המלך לקדנצייה הראשונה שלו (שתים-עשרה שנה).

בפרק ה' דורש נחמיה מראשי העם ועשיריו לוותר על המשא שהם נושים בעם. בפרק י"ג, לאחר שלושה פסוקים (א-ג) שאינם קשורים בהכרח לזכרונות נחמיה, ניתן לקרוא על הפעולות הללו של נחמיה:

ד-יד: אלישיב הכהן נתן לטוביה 'משרד' בבית ה' – את הלשכה שאליה היו מביאים את מתנות הכהונה. הדבר גרר את הפסקת הבאת המתנות לשם, והלויים נאלצו לעזוב את בית ה' וללכת איש לשדהו. כשנחמיה חזר משהות אצל המלך, הוא תיקן זאת והשיב את המצב לקדמותו.
טו-כב: טיפול בבעיית מקח וממכר בשבת.
כג-ל: טיפול בבעיית הנשים הנכריות בעם ובקרב משפחת הכהונה הגדולה.
לא: קרבן העצים וביכורים.

ניתן לראות שמלבד מצוות נתינת שלישית השקל בשנה לעבודת בית ה', נחמיה נאלץ לטפל בכל אחד מסעיפי האמנה, כאשר המפרשים והחוקרים נחלקים בשאלה האם כל הפעולות נעשו לפני חתימת האמנה, או שמא גם לאחר חתימת האמנה העם לא בהכרח עמד בהתחייבויותיו ואילץ את נחמיה לפעול. כך או אחרת, הדבר מלמד שסעיפי האמנה לא ניתנו בחלל ריק, והם מכילים בתוכם את הסוגיות הבוערות והאקטואליות ביותר בתקופה שבה נכתבו.