המבנה של ספר ירמיהו, כמו גם של ספרי נביאים אחרונים נוספים, מציב אתגר מיוחד.
מצד אחד, ישנם חלקים בספר שניתן לאגדם יחד ולראות את הקשר שביניהם ללא עוררין, כגון הנבואות על הגויים, נבואות גאולה וישועה ועוד (שהקשר ביניהם הוא נושאי) ונבואות מזמן החורבן והירידה למצרים (שהקשר בניהם הוא גם כרונולוגי).