בפרק ב' הקב"ה עונה לטענותיו של חבקוק ואומר לו שמפלת בבל קרובה, אבל לא תתרחש בזמנו. הקב"ה מוכיח את חבקוק בטענה שמי שאין לו נפש ישרה מחשב קיצים. האדם הישר ממתין בסבלנות, מאמין בהשגחה פרטית ולא מלין על מעשי ה'. בהמשך, הנביא מתאר כיצד בבל יפלו, יושפלו ויענשו על מעשיהם הרעים, שפיכות הדמים, הגזל, העושק וחילול כלי המקדש.