לפני הזאת דם החטאת בקודש הקודשים ביום הכיפורים נצטווה אהרן להקטיר קטורת במקום זה. מקריאה ראשונית נראה כי מטרת ההקטרה היא ליצור ענן מיסוך. עיון נוסף מעלה שלקטורת תפקיד מרכזי הרבה יותר. 

מרבית הפסוקים בסדר עבודת הכהן הגדול עוסקים בקורבנות החטאת. על פי פשטי המקראות, המטרה המוצהרת, של עבודת הכהן הגדול ביום הכיפורים היא כפרה על המשכן ועל ישראל. פר החטאת והשעיר הפנימי מכפרים ומטהרים את המשכן מהחטאים והטומאות של ישראל שפגעו במשכן ("וְכִפֶּר עַל הַקֹּדֶשׁ מִטֻּמְאֹת בְּנֵי יִשְׂרָאֵל וּמִפִּשְׁעֵיהֶם לְכָל חַטֹּאתָם" [טז]) ואילו השעיר המשתלח מכפר על ישראל עצמם ("וְנָשָׂא הַשָּׂעִיר עָלָיו אֶת כָּל עֲוֹנֹתָם אֶל אֶרֶץ גְּזֵרָה" [כב]).

עוד לפני שאהרן מזה את דם הקורבנות בקודש הקודשים ('הקודש') ובאוהל מועד, הוא נדרש להביא מחתה מלאה קטורת אל קודש הקודשים (פס' יב-יג). בקריאה ראשונית נראה שמטרתה של עבודה זו היא הגנה על אהרן מפני ראייה מסוכנת של הכפורת: "וְכִסָּה עֲנַן הַקְּטֹרֶת אֶת הַכַּפֹּרֶת אֲשֶׁר עַל הָעֵדוּת וְלֹא יָמוּת" (יג).

אולם ניתן להביא מספר הוכחות לכך שלהקטרת הקטורת תפקיד מרכזי הרבה יותר. ראשית, ממספר מקורות מוכח שהקטורת היא הקרבן החשוב ביותר. כך ניתן להוכיח מהעובדה שרק היא 'זוכה' להיות מוקטרת כל השנה בקודש על מזבח הזהב בעוד שאר הקורבנות מוקרבים על מזבח העולה בעזרה. הוכחה נוספת, מיני רבות, ניתן להביא מהעובדה שאת הרצון לקרבת ה' ביטאו נדב ואביהוא על ידי הקטרת קטורת (י', א). קשה, אם כן, להניח שכל מטרתה של הקטורת היא רק להיות ענן מיסוך.

שנית, מפשט הפסוק (יג) עולה (וכך פירשו חז"ל בניגוד לצדוקים) שאת ענן הקטורת יוצר אהרן רק בקודש הקודשים לאחר שהוא נכנס. לו המטרה העיקרית הייתה לכסות את הכפורת, שיטת הצדוקים לפיה יש ליצור את ענן הקטורת לפני הכניסה מובנת הרבה יותר.

מסתבר אם כן, שלקטורת תפקיד חשוב הרבה יותר: פעם אחת בשנה זוכים ישראל להקטיר קטורת לא רק בקודש, מאחרי הפרוכת, אלא מתחת לכסא הכבוד ממש. כך דרשו חז"ל (ספרי דברים פרשת וזאת הברכה פיסקא שנא): "ישימו קטורה באפך - זו קטורת שלפני לפנים". הכפרה ביום הכיפורים מביאה לידי קרבת א-לוהים ובני ישראל זוכים להיכנס לפני ולפנים ולעבוד לפני ה'.

כעת גם מובנת ראשית הפרשה הפותחת במותם של נדב ואביהוא (א). הם רצו להתקרב לה' על ידי הקטורת ללא הכנה ראויה. פרשת יום הכיפורים מלמדת כיצד ניתן להתקרב לה' על ידי הקטורת באופן הראוי.