מספר פעמים ממקם המקרא את העיר שכם ב'הר אפרים', על אף שמבחינה גאוגרפית היא היתה בתוך נחלת מנשה, וזאת על מנת שקבר יוסף, אביהם של מנשה ואפרים, אשר בשכם, יימצא בתוך נחלות אפרים ומנשה כאחת.
לקראת סוף פרק ט"ז נאמר: "וְהֶעָרִים הַמִּבְדָּלוֹת לִבְנֵי אֶפְרַיִם בְּתוֹךְ נַחֲלַת בְּנֵי מְנַשֶּׁה כָּל הֶעָרִים וְחַצְרֵיהֶן" (ט). כלומר, ישנן ערים של שבט אפרים המובדלות מנחלתו ומובלעות בתוך נחלת שבט מנשה.
ואכן מצאנו במקרא שנחלת שבט אפרים 'פלשה' לתוך נחלת מנשה, למשל: "וַיָּמָת עַבְדּוֹן בֶּן הִלֵּל הַפִּרְעָתוֹנִי וַיִּקָּבֵר בְּפִרְעָתוֹן בְּאֶרֶץ אֶפְרַיִם בְּהַר הָעֲמָלֵקִי" (שופטים י"ב, טו), מקובל כיום לזהות את 'פרעתון' עם הכפר הערבי 'פרעתה' הסמוך לקדומים, שהוא צפוני בכמה ק"מ לנחל קנה, המהווה את הגבול שבין נחלת השבטים אפרים ומנשה, כמבואר בפרק ט"ז: "מִתַּפּוּחַ יֵלֵךְ הַגְּבוּל יָמָּה נַחַל קָנָה וְהָיוּ תֹצְאֹתָיו הַיָּמָּה" (ח). וכן בפרק הבא. הרי שפרעתון היתה עיר אפרתית בתוך נחלת מנשה.
דוגמא נוספת המביאה לידי ביטוי את 'פלישת' שבט אפרים לנחלת מנשה היא ביחס לעיר שכם. מספר פעמים ממקם המקרא את העיר שכם ב'הר אפרים', על אף שמבחינה גאוגרפית היא היתה בתוך נחלת מנשה, שהרי היא שוכנת צפונית לעמק המכמתת אשר בו עובר הגבול בין אפרים למנשה, ככתוב: "וַיְהִי גְבוּל מְנַשֶּׁה מֵאָשֵׁר הַמִּכְמְתָת אֲשֶׁר עַל פְּנֵי שְׁכֶם" (י"ז, ז); למשל מצינו: "וְאֶת שְׁכֶם בְּהַר אֶפְרָיִם" (כ', ז), וכן: "וַיִּבֶן יָרָבְעָם אֶת שְׁכֶם בְּהַר אֶפְרַיִם" (מל"א י"ב, כה). וזאת על מנת שקבר יוסף, אביהם של מנשה ואפרים, אשר בשכם, יימצא בתוך נחלות אפרים ומנשה כאחת.
הרי שמצד אחד מתוארת העיר שכם כשוכנת ב'הר אפרים', ומאידך היא ממוקמת בנחלת מנשה, ואף נקראת שְכֶם, בין היתר על שם אחד מצאצאי מנשה, שֶכֶם. וכשם שמצאנו שקראו לאחת מערי מנשה בשם 'תרצה', על שם אחת מבנות צלופחד, שככל הנראה באזור עיר זו קיבלה את נחלתה.
עוד על אותו נושא ניתן לשמוע בשיעורו של דוד נתיב 'מובלעות אפרים בתוך מנשה'