חלוקת הפרק:
1. א-יד: לקיחת שתים עשרה האבנים מהירדן וגדולת יהושע
2. טו-כד: הקמת שתים עשרה האבנים בגלגל וגדולת ה'       

הפרק מתחלק לשני חלקים: בחלק הראשון (א-יד) מתואר הצו ללקיחת שתים עשרה האבנים מהירדן וביצועו. בסוף חלק זה מתוארת בקצרה יציאתם של הכהנים מהירדן ותוצאת אחת של נס חציית הירדן – גדולת יהושע. בחלק השני (טו-כד) שב הכתוב ומתאר ביתר פירוט את עלייתם של הכהנים מהירדן ולאחר מכן מתאר את הנחת שתים עשרה האבנים בגלגל ואת התוצאה הנוספת של נס חציית הירדן – גדולת ה'. הפסוק הראשון של פרק ה' המתאר את פחד העמים חותם את סיפור חציית הירדן. 

1. א-יד: לקיחת שתים עשרה האבנים מהירדן וגדולת יהושע

א. פס' ו-ז –  הסבר זה של מטרת הצו על שתים עשרה האבנים חוזר גם בהמשך בפסוקים כא-כד. הסיבה לחזרה היא שכאן הדברים נאמרו בשעת הוצאת האבנים ושם בעת הצבתן בגלגל. עוד יש לשים לב שכאן הדברים נאמרו לשנים עשר האנשים שלקחו את האבנים ושם לכל העם.

ב. פס' ט – כאן מסופר על גל אבנים נוסף אותו הקים יהושע בתוך הירדן עצמו.

ג. פס' יא-יד  פסוקים אלו מתארים באופן כללי את מה שארע לאחר חציית הירדן: הארון עומד לפני העם, כפי שנאמר בתחילת פרק ג', ובני ראובן, גד וחצי המנשה עמדו חמושים לפני בני ישראל כפי שנאמר בפרק א'. פסוק יד חותם חלק זה ומודיע על הצלחת המטרה של הגדלת שמו של יהושע, כפי שנאמר בפרק ג', ז.

2. טו-כד: הקמת שתים עשרה האבנים בגלגל וגדולת ה' 

א. פסוקים אלו מתמקדים בהקמת האבנים בגלגל אך ראשית הם חוזרים ומפרטים את עליית הכהנים מהירדן ואת הנס שהתרחש בעקבות כך: חזרת מי הירדן למקומם. כאמור, פסוקים אלו מתמקדים בהגדלת שמו של ה' בעקבות חציית הירדן.

ב. פס' כג שוב יש כאן השוואה מפורשת בין מעבר הירדן לקריעת ים סוף.

3. פרק ה', א זהו פסוק הסיום של סיפור מעבר הירדן כאשר הוא מוסר על הצלחת המטרה של פחד העמים. השוו סגנון פסוק זה לדברי רחב בפרק ב פס' י-יא.