מבנה המשכן עצמו, העשוי מיריעות ומקרשים, מעיד על מטרתו הכפולה.
מבנה המשכן עשוי משני חלקים מרכזיים:
היריעות - הפרושות מלמעלה ומסמלות את הסיכוך העראי של השכינה על ארץ. לאורך רוב העיסוק בבנייתו - יריעות אלו מכונות 'המשכן'.
הקרשים - המהווים מבנה יציב, מגדירים את אזור השכינה ומייחדים אותו כמקום אחד לעבודת ה'.
חז"ל רואים את הקרשים הללו כמבנה קבע לעניין מלאכת בונה, וכאשר התמקם המשכן בשילה הוחלפו הקרשים בקיר אבן, בעוד היריעות העראיות נותרו על מקומן.
שילוב זה בין עראי וקבע במשכן מבטא את מטרתו הכפולה של המשכן: מצד אחד מקום בו יורד ה' לשכון בקרב הארץ - שכינה זמנית שתלויה בזכותו של העם; ומצד שני, בית קבע המשמש מקום עליה לרגל בו האדם קרב אל ה' ועובד אותו בקרבנות.
המשכן במדבר התאפיין בעיקר בהיותו מקום שכינה, והקרבנות לא היו עיקר משמעותו. כאשר נבנה המקדש בירושלים, עיקרו הפך להיות מקום קבע לעבודת ה' ולתפילה.