מזמורנו דומה למזמור י"ד, עד כדי כך שהוא נראה כנוסח מקביל שלו. השוואה בין שני המזמורים מלמדת על שינוי משמעותי אחד ביניהם.
השוואת שני המזמורים מגלה שהשינוי המרכזי הוא לקראת סוף המזמור:
מזמור נ"ג מתאר אירוע שקרה: "כי א-להים פזר עצמות חנך הבשתה כי א-להים מאסם" (ו). לא לגמרי ברור על איזה אירוע מדובר. זאב ויסמן בפירוש 'עולם התנ"ך' מבין שהאירוע המדובר הוא אולי עם גוון לאומי וכך ה"נבל" שמדובר עליו במזמור נ"ג הוא אויב העם (כך מסביר גם רד"ק). בחינה של המזמור עצמו לא בהכרח מובילה למסקנה שלפנינו מזמור לאומי. אין אזכור של עם ישראל (מלבד "אכלי עמי" אך ביטוי זה מופיע גם במזמור י"ד, ששם אין סיבה לומר שמדובר במזמור לאומי), ואויב של ממש לא נזכר.
ונחתום בדברי עמוס חכם שמסכם את הדיון ביחס בין שני המזמורים: "לא נוכל לעמוד על כל שינוי ושינוי ועל אחת כמה וכמה שלא נוכל למצוא שיטה אחת בכל השינויים".
לעיון נוסף בנושא ההבדל שבין המזמורים ניתן לשמוע את שיעורו של הרב יעקב מדן וכן את שיעורו של ד"ר בני גזונדהייט