המבנה של ספר ישעיהו, כמו גם של ספרי נביאים אחרונים נוספים, מציב אתגר מיוחד.

מצד אחד, בניגוד לספרי התורה ונביאים ראשונים, הספר אינו בנוי בסדר כרונולוגי המחלק את הספר לתקופות ברורות, ופרקים רבים אינם נקשרים יחד תחת כותרת אחת.

בחלק מהפרקים ניתן להציע קשר הדוק, המקשר אותם יחד לאחת מהתקופות בהן ניבא ישעיהו, אולם מכיוון שהדברים לא נאמרו במפורש, והם תלויים בפרשנות, בחרנו שלא לקבוע מסמרות. 

מצד שני, ישנם חלקים בספר שניתן לאגדם יחד ולראות את הקשר שביניהם ללא עוררין (כגון הנבואות על הגויים).

לאור זאת, בסרגל שלפניכם סומנו בכוכבית הפרקים שלא ניתן למצוא להם כותרת קצרה וממצה המאגדת אותם לכדי יחידה אחת שלמה וברורה. 

למרות האמור, ניתן בכל זאת לחלק את הספר לחמשה חלקים:
1. בפרקים א' - י"ב מופיעות נבואות מתקופות המלכים עוזיהו, אחז וחזקיהו. בפרקים ז'-ח' מוזכרים אחז ותקופתו באופן מפורש ושאר הפרקים ביחידה זו (א'-י"ב) נראים מתאימים מאוד לתקופת עוזיהו וחזקיהו. פרקים ב'-ד' העוסקים בגאווה האנושית מתאימים לתקופת עוזיהו ופרקים ט'-י"ב הצופים לעבר הבן שימלוך לאחר אחז ויעשה צדקה ומשפט, מתאימים לתקופת חזקיהו. 

2. בפרקים י"ג - כ"ג מופיעות נבואות (משאות) על הגויים. 

3. בפרקים כ"ד - ל"ה שוב מופיעות נבואות מתקופות שונות אולם היכולת להצביע על הרקע ההיסטורי של כל פרק ופרק קשה יותר מאשר בפרקים א'-י"ב.

כך לגבי פרקים כ"ד-כ"ז, המתארים, בעיקר, גאולה ושירי ישועה.

פרקים כ"ח-ל"ה מהווים יחידה שלמה מבחינה צורנית כאשר כל נבואה פותחת ב'הוי'. רקען ההיסטורי של הנבואות אינו מפורש ונראה שהוא אינו אחיד והתקבצו בו נבואות 'הוי' מהתקופות השונות בהן ניבא הנביא.

4. פרקים ל"ו - ל"ט הם פרקים ​סיפוריים בעיקרם והם מקבילים כמעט לחלוטין לפרקי חזקיהו וסנחריב בספר מלכים (מל"ב י"ח-כ') 

5. פרקים מ' - ס"ו מאופיינים כפרקי הנחמה של ספר ישעיהו.

בתוך פרקי הנחמה, חלק מהפרקים קשורים זה לזה, ומהווים יחידות עצמאיות שניתן לאגדם תחת כותרת אחת (כגון: פרקים מ'-מ"ח: גאולה ויציאה מבבל),

וחלק מהפרקים אינם ניתנים לאיגוד, ועומדים כל פרק בפני עצמו. ולכן אף הם סומנו בכוכבית (פרקים נ"ז-ס"ו)