המבנה של ספר ירמיהו, כמו גם של ספרי נביאים אחרונים נוספים, מציב אתגר מיוחד.

מצד אחד, ישנם חלקים בספר שניתן לאגדם יחד ולראות את הקשר שביניהם ללא עוררין, כגון הנבואות על הגויים, נבואות גאולה וישועה ועוד (שהקשר ביניהם הוא נושאי) ונבואות מזמן החורבן והירידה למצרים (שהקשר בניהם הוא גם כרונולוגי).

מצד שני, בניגוד לספרי התורה ונביאים ראשונים, חלקים רבים בספר אינם בנויים בסדר כרונולוגי (למרות שבספר למעלה מעשרים נבואות עם תאריך) ופרקים רבים אינם נקשרים יחד תחת כותרת נושאית אחת. כמו כן, בשל מגבלות טכניות, פעמים ולא יכולנו לאגד יחד, תחת כותרת אחת, מספר פרקים מצומצם שהקשר בניהם נראה מובהק. אי לכך לפרקים ב'-כ' הענקנו כותרת כללית למדי, 'נבואות תוכחה מתקופות שונות', ולא ניתן ללמוד ממנה הרבה על תוכן הפרקים. כמו כן, במקרים בודדים, כאשר פרק או מספר פרקים עומדים בפני עצמם, עשינו שימוש בהערת כוכבית במקום כותרת מילולית.

נעיר בקצרה על מספר תופעות ייחודיות הקשורות לכתיבת ספר ירמיהו ובאות לידי ביטוי בסרגל:

1. ספרי נבואות 

אחד המאפיינים הייחודים לירמיהו הוא כתיבת ספרי נבואות:

א. בפרק כ"ה, יג מופיעה נבואת פורענות על בבל ונאמר שם: "וְהֵבֵאתִי עַל הָאָרֶץ הַהִיא... אֵת כָּל הַכָּתוּב בַּסֵּפֶר הַזֶּה אֲשֶׁר נִבָּא יִרְמְיָהוּ עַל כָּל הַגּוֹיִם". יש שהציעו שזהו ספר נבואות הגויים המופיע בירמיהו מ"ו-נ"ב.

ב. בפרק כ"ט ירמיהו כותב ספר לגולי יהויכין.

ג. בראש פרק ל' מופיע ציווי לכתוב את הנבואות בספר. ואומנם פרקים ל'-ל"ג מתייחדים בכך שהם נבואות גאולה וישועה ובהחלט יתכן שכל הנבואות הללו כלולות בספר זה.

ד. בראש פרק ל"ו, בשנה הרביעית ליהויקים, נצטווה ירמיהו לכתוב את כל נבואותיו מאז החל להתנבאות בימי יאשיהו (23 שנה). על פי המסופר שם ברוך בן נריה כתב את הנבואות, המלך שרפן וברוך בן נריה כתבן שוב. זהו, אם כן, ספר נבואות פורענות. אכן, בניגוד לספרים האחרים אותם ציינו לעיל, קשה לזהות בספר ירמיהו, כפי שהוא לפנינו, קובץ אחיד ורציף המהווה ספר זה (בפרקים א'-ל"ה מופיעות מספר נבואות שנאמרו לאחר זמן כתיבת הספר, בשנה הרביעית ליהויקים, וכן מופיע 'ספר הגאולה והישועה', שוודאי עומד בפני עצמו).

2. סיפורים ביוגרפיים

בספר ירמיהו סיפורים רבים, חלקם ביוגרפיים, אודות הנביא ויחסיו עם ה', העם והמלכים. גם נקודה זו ייחודית לירמיהו, בהשוואה לספרי נביאים אחרונים אחרים.

יתכן ושתי נקודות אלו גם יחד הביאו את חז"ל (בבא בתרא טו ע"א) לטעון שירמיהו כתב את ספרו ואת ספר מלכים (מה שלא נאמר על ישעיהו ויחזקאל).

למרות האמור, פרשנים וחוקרים ניסו למצוא סדר והיגיון במבנה של ספר ירמיהו. באתר התנ"ך מופיעים מספר שיעורים ומאמרים העוסקים בנושא זה.

לעיון בשיעורו של הרב ד"ר יואל בן נון, שיעורו של הרב ד"ר יוסי אליצור ומאמרו של הרב דוד סבתו