המבנה של ספר יחזקאל מסודר וברור, בשונה מספרי הנביאים הקודמים - ישעיהו וירמיהו.

1. פרקים א'-כ"ד מאגדים נבואות שונות שנאמרו לפני חורבן הבית. בתוך חטיבה זו בולט 'חזון המסע לירושלים' בפרקים ח'-י"א בו יחזקאל מגיע (במראה) לירושלים ורואה את חטאיה ואת מסע השכינה העוזבת את המקדש ואת ירושלים. למרות שמדובר על חטיבה אחת מלוכדת עם סדר כרונולוגי (ראה להלן) בחרנו להבליט בסרגל את חזון המסע.

2. בפרקים כ"ה-ל"ב מופיע קובץ נבואות על הגויים, בדומה לקבצים דומים שמופיעים בספרי ישעיהו וירמיהו.

3. בפרקים ל"ג-מ"ח מופיעות נבואות נחמה שנאמרו לאחר חורבן הבית כאשר פרקים מ'-מ"ח הם תת יחידה העוסקת בחזון המקדש העתידי ובחזרת השכינה, לאחר תיאור עזיבתה בפרקים ח'-י"א.

בחטיבה הראשונה מופיעות מספר נבואות עם תאריכים המלמדים על כך שהנבואות הן בסדר כרונולוגי: בפרק א' התאריך הוא השנה החמישית לגלות יהויכין, בפרק ח' התאריך הוא השנה השישית לגלות יהויכין, בפרק כ' התאריך הוא השנה השביעית לגלות יהויכין ובפרק כ"ד התאריך הוא השנה התשיעית (כנראה למלכות צדקיהו, שנה עשירית לגלות יהויכין).

לעומת זאת דווקא בחטיבה השנייה, קובץ הנבואות על הגויים, אין תמיד סדר כרונולוגי. כך, הנבואה על צור (כ"ו) נאמרה בשנת החורבן, שנת 11 לצדקיהו או לגלות יהויכין, ואילו הנבואה על מצרים בפרק כ"ט קודמת לה ונאמרה בשנה העשירית לגלות יהויכין, שנה לפני החורבן. בהמשך הספר (ל"א) מופיעה נבואה על מצרים שנאמרה חודשיים לפני החורבן ואילו הנבואה על מצרים בפרק י"ז נאמרה 16 שנים לאחר החורבן.

בחטיבה השלישית מצאנו שני תאריכים: החטיבה נפתחת (ל"ג, כא) בשמועה על החורבן בשנת שנים עשר לגלות יהויכין ותת היחידה בפרקים מ'-מ"ח העוסקת במקדש העתידי נפתחת בציון זמן שנת 25 לגלות יהויכין.