נחמיה מבין את גודל המאבק אותו הוא מנהל. במאבק זה הוא לא יזכה להערכה, לא של המנהיגות הדתית ולא של פשוטי העם
שתיים עשרה שנים היה נחמיה ביהודה וכל מפעלו קרס בשנה האחת שהוא נעדר ממנה. הכוהן הגדול אלישיב יצר קשרי משפחה עם הפחה העמוני טוביה ועם הפחה החורוני סנבלט. סביר להניח שהיו לו נימוקים מוצלחים למעשיו אלו.
ניתן לזהות נימוק אחד שוודאי הועלה בוויכוח - תקדים המלך שלמה. המלך שלמה הרי נשא נשים נוכריות רבות. אלישיב הכוהן הגדול טען כי מה שהיה מתאים למלך הגדול של הממלכה המאוחדת מתאים גם לו. נחמיה נאלץ להתמודד מול טענתו של אלישיב ולומר כי חטאיו של שלמה הם ההוכחה שאסור לשאת נשים נכריות.
בדיקה מדוקדקת של פסוקי התורה אינה מעלה איסור ברור לשאת אשדודיות. יש איסור לשאת אישה משבעת העממים. יש איסור על עמוני ומואבי, מצרי ואדומי, ואין איסור מפורש לשאת אשדודיות.
גם הפסוקים העוסקים בשמירת השבת מדברים על שביתה מהעבודה החקלאית ולא אוסרים בפירוש את המסחר. דומה שרבים מבני יהודה חשבו שאין מקום לאסור את המסחר בשבת.
נחמיה פועל כמו שמנחה תורה שבעל פה. הוא אינו קורא את הפסוקים במשמעותם המצומצמת, אלא מרחיב את הפסוקים ואוסר את המסחר בשבת ואת הנישואים לכל מי שאינו יהודי. מעשיו אלו נתקלו בהתנגדות עזה, הן של הציבור הרחב והן של המנהיגות הדתית אותה ייצג הכהן הגדול.
נחמיה מבין את גודל המאבק אותו הוא מנהל. במאבק זה הוא לא יזכה להערכה, לא של המנהיגות הדתית ולא של פשוטי העם. ולכן פונה המנהיג הבודד הזה אל אלוקיו ומסיים 'זכרה לי אלוקי לטובה'. ממרחק השנים נחמיה עיצב את עולמינו היהודי יותר מאשר כל מנהיג אחר.