שכם אמורה להיות עיר מקלט, בה גרים הלויים, אולם בפועל, רוב הזמן ישבו בה בני אפרים ומנשה. הזלזול בעיר המקלט הביא לזלזול בעניין שפיכות דמים.

 

בפרקנו נמנית שכם כאחת משש ערי המקלט הקולטות את הרוצח בשגגה: "וַיַּקְדִּשׁוּ אֶת קֶדֶשׁ בַּגָּלִיל בְּהַר נַפְתָּלִי וְאֶת שְׁכֶם בְּהַר אֶפְרָיִם..." (ז).
ערי המקלט ניתנו למגורים לבני לוי, אשר חלק מתפקידם החינוכי הוא לקלוט אל תוך קהילתם את כל אותם אנשים אשר עוו ב'גרימת מוות ברשלנות', ולהעביר אותם תהליך של תשובה ותיקון לחטאם.
וכך מתואר בפרק הבא (כ"א, כ-כא): "וּלְמִשְׁפְּחוֹת בְּנֵי קְהָת הַלְוִיִּם... וַיִּתְּנוּ לָהֶם אֶת עִיר מִקְלַט הָרֹצֵחַ אֶת שְׁכֶם וְאֶת מִגְרָשֶׁהָ".
אולם אם נעיין בספרי הנביאים, נווכח לראות שבפועל התקופה בה שימשה שכם כעיר מקלט ומקום מושב הלויים היתה קצרה יחסית, ופחות משלוש מאות שנה לאחר הכניסה לארץ, כבר לא היתה שכם עיר מקלט המנוהלת בידי שבט לוי, והמאוכלסת על ידם, ואת מקומם תפסו המקומיים בני שבט אפרים ומנשה. כך אנו מוצאים בסיפורו של אבימלך בנו של גדעון, שהיה משבט מנשה, ואֶחיו מאמו היו מ'בעלי שכם', ואף הוא עצמו, שרצח את אֶחיו מאביו במזיד, משל ב'עיר המקלט' שלוש שנים.
לקראת מותו החריב אבימלך את שכם בשל סיכסוך פנימי, ואף זרע בה מלח כדי שלא יהיה ניתן לעבד את האדמה ולהצמיח בה פירות (שופטים ט', מה): "וַאֲבִימֶלֶךְ נִלְחָם בָּעִיר כֹּל הַיּוֹם הַהוּא וַיִּלְכֹּד אֶת הָעִיר וְאֶת הָעָם אֲשֶׁר בָּהּ הָרָג וַיִּתֹּץ אֶת הָעִיר וַיִּזְרָעֶהָ מֶלַח".
העיר נותרה שוממה עד ימי ירבעם בן נבט, משבט אפרים, שכעבור כמאתיים שנה שיקם את העיר וישב בה: "וַיִּבֶן יָרָבְעָם אֶת שְׁכֶם בְּהַר אֶפְרַיִם וַיֵּשֶׁב בָּהּ" (מל"א י"ב, כה).
עובדה זו, שרוב ימי ישראל על אדמתם לא נהגו בשכם כעיר מקלט אשר תושביה הם בני לוי, גרמה לפריצת גדר בחומרת איסור הרצח, והביאה, ברבות השנים, למצב בו מעיד הכתוב (מל"ב כ"א, טז): "וְגַם דָּם נָקִי שָׁפַךְ מְנַשֶּׁה הַרְבֵּה מְאֹד עַד אֲשֶׁר מִלֵּא אֶת יְרוּשָׁלִַם פֶּה לָפֶה", ומכאן ועד חורבן גמור וגלות, הדרך היתה קצרה.