מזבח הקטורת נדחה לסוף הרשימה לא בגלל המשמעות המיוחדת של הקטורת שמקטירים עליו אלא בגלל תפקודו המשני כחלק מבית שחיים בו.

רבים תמהים על הופעתו של מזבח הקטורת רק כעת לאחר שכבר פורטו כל הכלים ובגדי הכהונה. אף הוקדשו הכהנים לתפקידם, וכבר חתמה התורה את פרשיית המשכן במשפט חגיגי: "ושכנתי בתוך בני ישראל והייתי להם לאלוקים" (כ"ט, מה).

הפרשנים נטו כאן לשתי גישות מרכזיות שבעיקר עוסקות בפעולת הקטרת הקטורת. מחד, היו שבחנו את הפן השונה של הקטורת בהשכנת השכינה בבית (ריחוק, מיסוך, הגנה וכד'). מאידך, היו שטענו כי הקטורת אינה אלא מעין מנחה ותשורה לה' המגיעה לאחר שהשכינה כבר שורה ולכן מקומו בסוף. דומה כי ניתן להציג כיוון אחר המתבסס לא על אופן פעולת הקטורת אלא על מבנה הבית עצמו.

הקב"ה מצווה את ישראל לבנות בית שבו תשרה השכינה ובכך ינציח את הקשר המיוחד שהחל במעמד הר סיני בין הקב"ה לכנסת ישראל. בבית זה יוועד ה' עם עם ישראל בכל עת, ובמיוחד ברגלים. ככל בית, יש צורך ברהיטים בסיסיים: מטה - לישון בה, שולחן - לאכול עליו ומנורה - שתאיר בחשיכה. כך מעידה האשה השונמית בהכינה חדר בביתה לאלישע הנביא (מלכים ב ד', י): "נַעֲשֶׂה נָּא עֲלִיַּת קִיר קְטַנָּה וְנָשִׂים לוֹ שָׁם מִטָּה וְשֻׁלְחָן... וּמְנוֹרָה".

קודש הקדשים והארון מבטאים את חדר היחוד (מנחות צח ע"ב) ולכן הכתוב פותח בו. לאחר מכן מגיע מקומו של שולחן האכילה - שולחן לחם הפנים, ולבסוף מקומה של התאורה - המנורה. כמובן, שלרהיטים אלו יש צורך בקירות ומסגרת - קרשים ויריעות.

מזבח הקטורת אינו אלא כ'כסא' שהוא תוספת, במקום לישב על הריצפה, כך גם ריח טוב אינו מרכיב הכרחי. משום כך הדגישה התורה שהוא אינו מעכב את השראת השכינה, ומגיע רק לאחריה. חז"ל אף אומרים שמזבח שנעקר מקטירים במקומו (זבחים נט ע"ב). אמנם, בבית של נביא וכל שכן בבית השכינה ראוי שיהיה כסא וריח טוב ולכן מכאן ואילך הוא מוזכר תמיד עם שאר הכלים (ל"ה, טו; ל"ז, כה; ל"ט, לח).