לאחר כיבוש הארץ העבירו את אוהל מועד לשילה (יהושע יח, א), וכאן הנחיל יהושע את הנחלות לשבעת השבטים אשר לא נחלו קודם לכן (שם, ב-י).
משנשבע איש ישראל כי "איש ממנו לא יתן בתו לבנימין לאישה", באו בני בנימין לשילה ביום חג ה' וחטפו להם נשים מן המחוללות (שופטים כא,יט-כג)
במשכן בשילה כיהנו עלי ובניו ובו נגלה ה' אל שמואל (שמואל א א, ט; ג,כ).
כאשר חנו בני ישראל באבן העזר בצאתם למלחמה בפלישתים ונגפו בקרב, הביאו את ארון ברית ה' משילה לשדה המערכה כדי שיושיעם מכף אויביהם, אולם הפלישתים ניצחו ולקחו את הארון (שם ד, יא-ה, א).
נראה הדבר כי לאחר מפלת בני ישראל נהרסה העיר ונשרף בית האלוהים (ירמיהו כו, ו, ט; שם, ז, יב). המחקר הארכאולוגי אכן מצא סימני שריפה באתר המתוארכים לסוף תקופת השופטים.
בתקופת המלוכה נבנתה שילה מחדש (ירמיהו מא, ה). הנביא אחיה השילוני ניבא לירבעם כי הוא ימלוך על עשרת השבטים (מלכים א יא, כט- לא), אך כאשר באה אשת ירבעם אל אחיה בשילה קילל אחיה את ירבעם על אשר עשה לו אלוהים אחרים (מלכים א יד, ד, י).המקום היה מיושב גם בתקופת הבית השני וההתיישבות בו נמשכה עד לתקופה הממלוכית.