בפרק ב' מתאר מלאכי את היחס המזלזל של העם והכהנים למקדש. לכן בשל כך, הוא מנבא כי ה' יעניש את הכהנים אשר איבדו את המטרה המרכזית בעבודת המזבח ובכך הפרו את הברית של שבט לוי עם ה'. בהמשך, מוכיח הנביא את העם על לקיחת נשים נוכריות ועל הבגידה בה'.